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[MimJannat909]

由于密码子简并性而导致的 设计的组合性质（刺突蛋白约 个 序列；需要约 亿年的时间来枚举）。粉色和蓝色路径分别代表野生型和最佳稳定（即最低能量）序列。 ，这两个序列之间的二级结构截然不同，前者大多是单链（容易在红环区域降解），而后者大多是双链。我们的算法只需 分钟即可完成此优化。 ，语言学（左）和生物学（右）之间的类比，其中确定性有限状态自动机 和前者的格解析被用来解决 设计。 （受 词格 启发）对所有候选 进行紧凑编码，并通过格解析同时折叠以找到最佳 （图 ）。 ， 设计空间的二维可视化， 轴为稳定性， 轴为密码子最优性。

标准（粉色箭头），， 的 疫苗产品就是例证（○ 、 ☆ 和 ▷ 。相比之下， 联合优化了稳定性和密码子最优性（蓝色曲线，其中 λ 是后者的权重）。通过考虑其他因素，我们选择了七种设计（此处显示了四种）用于 疫 电话号码列表 苗实验（图 ），这些设计显示出半衰期和蛋白质表达显着增强，并且与密码子优化相比，抗体反应多达 种基线（ ）。水痘带状疱疹病毒 疫苗（针对不同抗原和不同 ）的实验显示出类似的改进（图 ），证实了 的普遍性。 图片 图 生成的编码 蛋白的 序列的实验评估。 ，与密码子优化基线。



比我们的 设计的化学稳定性、蛋白质表达（ ）及其在诱导抗刺突 中的免疫原性总结。 ， 的非变性琼脂糖凝胶表征，显示凝胶迁移率与最小自由能的相关性；有关凝胶源数据，请参见补充图 。 ， 在缓冲液（ ）中孵育后 的化学稳定性。显示了完整 的百分比。数据来自三个独立实验。 ，转染至 细胞后 小时通过流式细胞术测定的 的蛋白质表达水平。显示了来自三个独立实验的平均荧光强度 值。对 组进行 方差分析 和 多重比较检验进行统计分析。例如， 小鼠 每隔 周用两剂配制的 进行肌内免疫。抗刺突 的终点滴度 。
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